Jon est le fils bâtard de Lord Eddard Stark de Winterfell, le chef de la maison Stark et Lord Paramount du Nord. Le nord est l'une des régions constitutives des sept royaumes Westeros et maison Stark est l'une des grandes maisons du Royaume. Règles de la maison Stark que la région depuis leur siège de Winterfell et Eddard détient également le titre de Seigneur de Winterfell. Il est aussi le préfet du Nord au roi Robert Baratheon.[1]

Eddard a une fois dit roi Robert Baratheon que la mère de Jon est une fille de la portion nommée Wylla, mais a refusé de poursuivre toute élaboration. Jon lui-même n'a pas connaissance de sa mère.

Jon a grandi à Winterfell sur un pied d'égalité avec les enfants légitimes de Eddard. Il a un demi-frère aîné Robb, deux jeunes demi-sœurs Sansa et Arya et deux demi-frères jeunes Bran et Rickon. Présence de Jon à Winterfell est une source de friction entre Eddard et Catelyn, son épouse bien que Catelyn mis de côté sa colère temporairement lorsque le nourrisson Jon est devenu gravement malade. Jon se bien avec ses demi-frères et sœurs, en particulier Robb et Arya.