Una controindicazione (pronunciato contro-indicazione) è una condizione o un fattore contrario ad una certa misura. E' un termine utilizzato per lo più in medicina, e si riferisce a fattori che aumentano i rischi connessi all'uso di un determinato medicinale, ad una procedura medica o allo svolgimento di una particolare attività.

Alcune controindicazioni sono assolute, nel senso che non ci sono circostanze ragionevoli per intraprendere quella determinata azione. Ad esempio, ad un bambino con la febbre non si dovrebbe mai somministrare aspirina a causa del rischio di insorgenza della sindrome di Reye, mentre una persona con un'allergia ad un cibo non dovrebbe mai ingerire il cibo a cui è allergica. Allo stesso modo, persone affette da emocromatosi non dovrebbero mai assumere preparazioni a base di ferro.

Altre controindicazioni sono relative, nel senso che il paziente è a rischio di complicazioni, ma tale rischio può essere controbilanciato da altre considerazioni o ridotto da altre misure. Ad esempio, una donna incinta dovrebbe generalmente evitare i raggi X, ma il rischio può essere molto minore di quello connesso ad una mancata diagnosi o alla possibilità di trattare una condizione più seria come la tubercolosi o una frattura ossea. Controindicazioni relative possono anche essere definite precauzioni, come riportato nel Formulario Nazionale Britannico.