一個術語用來描述任何過程或行為在定義序列，在一個 DNA 或 RNA 分子內的酶。第二類限制酶是特定于網站內切酶和的重組系統由一些轉座子編碼是特定于網站，如是入噬菌體的集成 E.大腸桿菌 染色體。