長時間序列的一種方法 （> 1 kb） 克隆的 DNA 片段。最初的測序反應揭示克隆 DNA 的第一次幾個幾百個核苷酸的序列。根據這些資料，底漆含有約 20 核苷酸和補充到附近的已編序 DNA 末端序列合成的，然後用於克隆 DNA 的下幾個幾百個核苷酸測序。重複此過程，直到確定全基因組核苷酸 DNA 序列的克隆。