Một loại enzyme tiêu hóa DNA hoặc RNA, bắt đầu lúc kết thúc của sợi. Nó đòi hỏi một kết thúc miễn phí để làm suy giảm một phân tử DNA hoặc RNA. 5´ exonucleases yêu cầu một kết thúc miễn phí 5´ và làm suy thoái các phân tử trong 5´ để 3´ hướng. 3´ exonucleases yêu cầu một kết thúc miễn phí 3´ và làm suy thoái các phân tử trong hướng đối diện.