Конкретні нуклеотид послідовності ДНК, який розпізнається тип II обмеження endonuclease і в яких він робить зріз рекомбіназа. Обмеження сайтів зазвичай включає в себе чотири або шість пар основ, які зазвичай є паліндромние (q.v.),

наприклад, 5´GGCC3´

3´CCGG5´

ланцюжків може бути скорочено або навпроти один одного, щоб створити затупленими кінцями, або в шаховому порядку чином, даючи липким закінчується, залежно від фермент бере участь.