Bilgisayarlı tomografi veya manyetik rezonans görüntüleme cihazları ile yapılan kalın bağırsak incelemesidir. Çekilen film bilgisayar ortamında üç boyutlu hale getirilerek kalın bağırsağın bütün bölümlerini incelemeye olanak sağlar. Kolonoskopi işleminde olduğu gibi bu işlemde de bağısak temizliği gerekir. Fakat kolonoskopiden farklı olarak anüsten (makattan) herhangi bir cihaz(endoskop) ile muayene yapılmasına gerek kalmadan veya kalın bağırsak filminde olduğu gibi bağırsak içine herhangi bir ilaç vermeden bağırsak iç yüzünü kaplayan tabaka bu teknik ile incelenebilir. Bu işlem sırasında bağırsağın iç yüzeyinin ayrıntılı olarak incelenebilmesi için hastaya makattan(anüsten) bağırsak içine hava vermek gerekir. Bu işlem bazı hastalarda karın ağrısına neden olur.

Sanal kolonoskopi ile bağırsak içinde yer alan polip, ülser, divertiküler hastalık, kanser ve bir çok hastalığın tanısı konulabilir. Bu işlemin tanı koyma güvenilirliliği kolonoskopiye göre daha azdır. Buna ek olarak sanal kolonoskopi ile doku örneği(biyopsi) alınamadığı için şüpheli bir hastalık bulgusu gözlemlediğinde hastaya tekrar kolonoskopi işlemi uygulanması gerekir. Kolonoskopi sırasında şüpheli bölge direk göz ile incelenebildiği gibi doku örneği de alınabilir.