Odpadnih voda je ena najbolj razširjenih biotehnoloških procesov v zahodnih družbah, ravnati z ogromne količine človeških in živalskih odpadkov, ki proizvajajo take družbe. Čistilnih metod zdravljenja razlikujejo, vendar so vse biološke osnove za razgradnjo organskega materiala v kanalizacijo in pretvori v nekaj, da lahko varno odvajajo v okolje (navadno rekah ali morju).