Rekombinácia proces, ktorý vloží malá molekula DNA (zvyčajne rekombináciou homologické) do jeden väčší. Li kruhovej molekuly, integrácia zahŕňa iba jediného crossing-over; ak lineárne, potom dva priechody-cez požadujú. A dobre známy príklad je integrácia fágové λ (lambda) DNA do E. coli genómu.