Porovnanie mapa umiestnenia génov medzi druhmi. Výsledkoch týchto porovnaní uviesť podstatné zachovanie blokov génov a ešte veľké segmenty chromozómoch medzi druhmi. Veľký môžete využiť toto zachovanie postavenia mapa. Napríklad v prípade cicavcov, to znamená, že ak gén bol mapovaný v jednej alebo oboch druhov intenzívne zmapované (ľudí a myší), potom pravdepodobne umiestnenie tohto génu v iných cicavcov možno predvídať s značnú dôveru. Naopak, ak priradenú anonymných markér DNA má vplyv na kvantitatívne rys (čo svedčí o značku spojená s locus kvantitatívnych rys (QTL)), hovoria, dobytok, potom poznatky porovnávacej mapy medzi dobytok a ľudí môže identifikovať gény v regióne homologických ľudského genómu, ktoré by mohli zodpovedať QTL. Tieto gény sú nazývané porovnávacie pozičné kandidátske gény (alternatívne metódy riešenia).