Процесс рекомбинации, который вставляет небольшой молекулы ДНК (обычно при гомологичной рекомбинации) в один большой. Если молекулы являются циклическими, интеграция предполагает только одну кроссинговера; если линейный, затем два пересечения за требуются. A хорошо известным примером является интеграции фага λ (лямбда) ДНК в E. coli генома.