Uma sequência de nucleótidos - tipicamente composto por nucleotídeos de 4, 6 ou 8 - o que é reconhecido por e para que vincula uma endonuclease de restrição (enzima de restrição). Para o tipo enzimas de II de restrição (aqueles usados em experimentos de clonagem de gene) é também a seqüência dentro do qual a enzima corta especificamente (e suas enzimas correspondentes misturamos) o DNA, ou seja, para enzimas de tipo II, o reconhecimento site e o site de destino são a mesma sequência. Tipo I enzimas ligam para o seu site de reconhecimento e então cleave o DNA em alguma posição mais ou menos aleatório fora desse site de reconhecimento.