Zmodyfikowany nukleotydów, który ma 3'-H dezoksyrybozy cukru zamiast 3'-OH. Jeśli metodą dideoksy trifosforan nucleoside (ddNTP) jest używany w reakcji syntezy DNA, ddNTP mogą być włączone do łańcucha rośnie. Jednak nie dalszej syntezy DNA to może wystąpić, ponieważ nie wiązanie fosfodiestrowe mogą być tworzone z przychodzących prekursorów DNA.