Uma sequência de aminoácidos que foi projetada em uma proteína para facilitar a sua purificação. Estas podem trabalhar em um número de maneiras. a marca poderia ser uma outra proteína, que vincula a algum outro material muito firmemente e assim permitindo a proteína para ser purificado por cromatografia de afinidade (q.v.). a marca pode ser uma seqüência curta de aminoácidos, que é reconhecida por um anticorpo. o anticorpo então ligaria à proteína, Considerando que ele não teria feito antes. Tal um peptídeo curto, chamado bandeira, foi concebido para que é particularmente fácil fazer anticorpos contra ele. a marca poderia ser alguns aminoácidos, que são usados como uma marca química sobre a proteína. Por exemplo, uma cadeia de aminoácidos carregados positivamente se ligará fortemente a um filtro carregado negativamente: isso poderia ser usado como base para um sistema de separação. Alguns aminoácidos ligam metais muito fortemente, especialmente em pares: esta propriedade química pode ser explorada usando um filtro com átomos metálicos quimicamente ligados nele para puxar uma proteína de uma mistura de proteínas.