Prosessen der en transposon eller innsetting sekvens setter seg inn i et nytt område på samme eller en annen DNA molekylet. Den eksakte mekanismen er ikke fullt ut forstått og ulike transposons kan transponere av ulike mekanismer. Transponering i bakterier ikke krever omfattende DNA homologi mellom transposon og målet DNA. Fenomenet er derfor beskrevet som illegitim rekombinasjon.