Bestemt nukleotid rekkefølgen DNA som gjenkjennes av en type II begrensning endonuclease og som gjør en dobbel-strandet kutt. Begrensning nettsteder vanligvis utgjør fire eller seks base-parene som vanligvis er palindromic (eksemplarer),

f.eks 5´GGCC3´

3´CCGG5´

to tilnærmingene kan kuttes enten overfor hverandre, opprette Butte endene, eller på en forskjøvet måte, gi klissete slutter, avhengig av enzymet involvert.