Rekombinasjon prosessen som setter inn et lite DNA-molekyl (vanligvis ved homologe rekombinasjon) til et større ett. Hvis molekylene er sirkulære, integrasjon innebærer bare en enkelt crossing-over, hvis lineære, så to kryssinger-over er nødvendig. A velkjente eksemplet er integrering av phage λ (lambda) DNA i den E. coli genom.