Rekombinācijas process, kurā ievieto nelielu DNS molekulas (parasti izmantojot homologu rekombinācijas) lielāku vienu. , Ja molekulas ir apaļa, integrācija ietver tikai vienu crossing-over; ja lineāras, tad divi šķērsojumi vairāk ir vajadzīgi. A labi zināms piemērs ir fāgu λ (lambda) DNS integrācija stājas . E. coli genomā.