Anaerobinio kvėpavimo tipas, kuris naudoja ne deguonies, o kitus atomus kaip galutinį elektronų akceptorių. Fermentacija vyksta pelkėse ir šlapynėse, susidarant CH₄ ir CO₂ bei kitiems junginiams, pavyzdžiui, etanoliui, pieno rūgščiai, sviesto rūgščiai ir acetonui.