ヌクレオチド シーケンス - 4、6 または 8 のヌクレオチド - 通常成る制限エンドヌクレアーゼ (制限の酵素) に結合して認識されています。タイプ (遺伝子クローニング実験で使用されるもの） II の制限の酵素はまたシーケンスを酵素具体的にカット （と、対応する酵素のメチル化）、DNA タイプ II の酵素のすなわち、認識サイトとターゲット サイトが、同じシーケンス。酵素タイプ I の認識部位にバインドし、その認識サイト外のいくつかのもっとまたはより少なくランダム位置で DNA を切断し。