מחלקה של אנזימים לבזות את מולקולות ה-DNA או RNA על ידי ביקוע הקשר נוקלאוטידים סמוכים המחבר פוספו-diester. Deoxyribonuclease (DNase), המצע הוא ה-DNA. ב endonuclease, זה cleaves באתרים פנימיים בתוך מולקולת המצע. אקסונוקלאז cleaves בהדרגה מהקצה של מולקולת המצע. Ribonuclease (RNase), המצע הוא RNA. נוקלאז ב S1, המצע היא חד-גדילי ה-DNA או RNA. Nucleases יש בדרגות שונות של בסיס-רצף ירידה לפרטים, הכי ספציפי להיות endonucleases ההגבלה.