חיידקים, שמרים, פשוט ופטריות, אצות, מיקרואורגניזמים, ומספר אורגניזמים אחרים שהם מיקרוסקופיים בגודל. הם רוב לטובה אך המחלה התוצרת מסוימים. אחרים מעורבים בטיפול composting וביוב.