המופע של אחד הכרומוזומים מספר שניים או יותר צורות מבנית חלופי בתוך אוכלוסיה; הכרומוזומים מבנית שהשתנה הם התוצאה של מוטציות כרומוזום (קרי, כל שינוי מבני המערבים את רווח, אובדן או מיקום מחדש של קטעי כרומוזום).