כלור פעיל יכול להיות אטום כלור יחיד שהוא רדיקלי ("נקודה קלרנית"), לכן פעילים במיוחד. הוא יכול להיות גם מולקולה המכילה כלור שהוא ונבדקים (ClO). כלור פעיל תפקיד הבולטים ביותר בכימיה אווירה הוא הרס שיירים של אוזון הסטרטוספרה, ההצטברות של כלור פעיל ב סטרטוספירה קוטב של כדור הארץ במהלך הלילה קוטבית שמוביל היווצרות חור באוזון העיקריים במהלך האביב.