תהליך רקומבינציה אשר מוסיף מולקולה DNA קטנה (בדרך כלל על-ידי רקומבינציה הומולוגיים) לתוך אחד גדול יותר. אם המולקולות מעגליות, אינטגרציה כרוך רק של crossing-over יחיד; אם ליניארי, ואז שני המעברים מעל נדרשים. דוגמה ידועה של הוא השילוב של phage λ (למבדה) DNA לתוך אי coli הגנום.