Il materiale genetico dei mitocondri. È simile nella struttura a quella del materiale genetico procariotico, formato da una singola molecola di DNA circolare. I mitocondri degli animali che riproduce sessualmente solitamente proviene solo dal lato materno ed è essenzialmente lo stesso di quello della madre. A volte mitocondri da spermatozoi sono anche passate alla prole. DNA mitocondriale è stato studiato per lignaggio traccia molto indietro nel tempo.