La sequenza di specifici nucleotidi del DNA che è riconosciuta da un'endonucleasi di restrizione di tipo II e all'interno che fa un taglio a doppio filamento. Restrizione siti solitamente comprendono quattro o sei paia di basi che in genere sono palindromi (vedi voce),

per esempio, 5´GGCC3´

3´CCGG5´

i due filamenti possono essere tagliati o opposto a uno altro, per creare l'estremità smussata, o in modo sfalsato, dando appiccicoso finisce, a seconda dell'enzima coinvolto.