Un segmento etichettato (tag) del DNA che è in grado, dopo una reazione di ibridazione del DNA, di individuare una specifica sequenza di DNA in una miscela di sequenze. Se la sequenza di tag è complementare a uno nella miscela, le due sequenze si formano una doppia elica. Questo sarà identificato grazie alla sua etichetta (sia da radioattività o fluorescenza).