Teknik menggunakan single, pendek (biasanya 10-mer) sintetis oligonucleotide primers untuk PCR. Primer, urutan yang telah dipilih secara acak, memulai replikasi di situs pelengkap pada fragmen DNA, memproduksi hingga sekitar 2 kb panjang, yang dapat dipisahkan oleh Elektroforesis dan diwarnai dengan ethidium bromida. Primer dapat menunjukkan polimorfisme antara individu, dan fragmen polimorfik dapat digunakan sebagai penanda.