Sebuah teknik yang memungkinkan dua segmen duplex DNA yang dipisahkan oleh ribuan pasang base (sekitar 200 kb) akan di kloning bersama-sama. Setelah sub kloning, setiap segmen dapat digunakan sebagai probe untuk mengidentifikasi kloning sekuensi DNA yang, di tingkat kromosom, kira-kira 200 kb terpisah.