Sebuah dimodifikasi nukleotida yang memiliki 3'-H pada gula deoksiribosa daripada 3'-OH. Jika trifosfat nukleosida dideoksi (ddNTP) digunakan dalam reaksi sintesis DNA, ddNTP dapat dimasukkan ke dalam rantai tumbuh. Namun, tidak ada sintesis DNA lebih lanjut kemudian dapat terjadi karena tidak ada ikatan fosfodiester dapat dibentuk dengan prekursor DNA masuk.