Määräytymistapa nukleotidin järjestyksessä DNA-fragmentti. On kaksi yhteistä tapaa näin:

• Maxam ja Gilbert tekniikka (kemiallista hajoamista), joka käyttää eri kemikaaleja murtaa osaksi DNA palasia erityisiä emäkset; tai

• Sanger tekniikka (kutsutaan di deoxy tai ketju-päättämisestä menetelmä) käyttää DNA polymeraasiketjureaktio tehdä uusia DNA-ketjujen kanssa di deoxy nukleotidien (ketjun terminators) pysäyttää ketjun satunnaisesti kasvaessaan.

Molemmissa tapauksissa DNA palasia erotetaan Polyakryyliamidigeeli elektroforeesi, jotta järjestyksessä lukemaan suoraan geeli pituuden mukaan.