Kindla nukleotiidijärjestuse DNA, mis on tunnustatud tüüpi II restriktaasi ja mis ta teeb topelt-luhtunud lõigatud. Piirang saidid koosnevad tavaliselt nelja või kuue aluspaari, mis tavaliselt on palindromic (viise),

nt, 5´GGCC3´

3´CCGG5´

, kaks haru võib lõigata kas vastupidine üksteist nüri otsad loomiseks või ajatatud viisil, andes kleepuv lõpeb, olenevalt asjaomaste ensüümi.