Topelt-luhtunud DNA molekuli või DNA-RNA hübriid, kus kaheniidilise on erineva päritolu ja seega sisaldavad ühe või mitme mitteühilduv (mitte täiendavate) aluspaari. A DNA duplex on koostatud ühe luhtunud DNA molekulide kaks eri allikatest pärit hübridisatsioon. Kui kaks määratud on identsed või väga sarnased järjestusi, topelt-luhtunud molekuli seatakse, kus kaks määratud erinevad järjest, ühe luhtunud piirkondade näidatakse jääma. Paljastatakse DNA täheldatakse elektronide mikroskoopiliselt single-strand "põõsad" on heteroduplex. Kahe homoloogilise ja mittehomoloogsed piirkondade kaarti molekulide seeläbi võib ehitada. Seda protsessi tuntakse heteroduplex kaardistamine.