Ένα τμήμα της διπλής όψης σκέλος DNA, η του οποίου ακολουθία 5´-να-3´ είναι ίδιες σε κάθε DNA. Η ακολουθία είναι το ίδιο όταν ένα σκέλος διαβάζεται από αριστερά προς τα δεξιά και το άλλο σκέλος είναι διαβάσετε δεξιά-προς-αριστερά. Συνήθως, αναγνώριση τοποθεσίες για τύπου ΙΙ ενδονουκλεάσες είναι ουσιαστικά ().