Η δυνητική αποτελεσματικότητα του συστήματος εσωτερικού ελέγχου της επιχείρησης υπόκειται σε εγγενείς περιορισμούς. Ανθρώπινα λάθη, συμπαιγνία, και η διαχείριση παράκαμψη είναι παραδείγματα.