Ένα ένζυμο που χωνεύει το DNA ή RNA, που ξεκινούν από τα άκρα των σκελών. Απαιτεί ένα ελεύθερο άκρο προκειμένου να υποβαθμίσει ένα μόριο DNA ή RNA. 5´ exonucleases απαιτούν μια δωρεάν 5´ τέλος και να υποβαθμίσει το μόριο σε το 5´ να 3´ κατεύθυνση. 3´ exonucleases απαιτούν μια δωρεάν 3´ τέλος και να υποβαθμίσει το μόριο προς την αντίθετη κατεύθυνση.