Den proces, hvorved en transposon eller indsættelse sekvens indsætter selv i en ny hjemmeside på den samme eller en anden DNA-molekylet. De nøjagtige mekanisme er ikke fuldt forstået og forskellige transposoner kan omsætte af forskellige mekanismer. Gennemførelse i bakterier ikke kræver omfattende DNA homologi mellem transposon og target-DNA. Fænomenet er derfor beskrevet som illegitime rekombination.