Et enzym, der specifikt nedbryder RNA eller enkeltstrenget DNA til 5´ mononucleotides. Renset fra trådformede svampen Aspergillus oryzae, S ₁ nukleasen bruges i vurderingen af omfanget af en hybridisering reaktion ved at fjerne uparret regioner. Det er også bruges til at fjerne klæbrige enderne af begrænsning fragmenter. I S ₁ kortlægning, den kodende region af et gen er opdaget ved at udføre mRNA-DNA hybridisering og fjerne uparret DNA med S ₁ nukleasen.