Rekombinace proces, který vloží malá molekula DNA (obvykle o homologní rekombinace) do většího. -Li molekuly jsou kruhové, integrace zahrnuje pouze jeden crossing-over; je-li to lineární, pak dva přechody nad jsou vyžadovány. A známým příkladem je integrace Fágové λ (lambda) DNA do E. coli genomu.