Un type de marqueur d'ADN, généré par la digestion de l'ADN génomique avec deux enzymes de restriction pour créer de nombreux fragments d'ADN, la ligature de séquences spécifiques d'ADN (appelés adaptateurs) jusqu'aux extrémités de ces fragments, amplification des fragments par PCR (à l'aide d'une série d'amorces avec les séquences correspondant à des cartes, ainsi que diverses combinaisons au hasard de trois bases supplémentaires à la fin)et la visualisation des fragments par électrophorèse sur gel. La PCR amplifient un fragment dont la séquence arrive à démarrer avec une base de trois séquences dans le jeu d'amorces. AFLP ont l'avantage important que plusieurs marqueurs peuvent être générés avec relativement peu d'effort. Ils sont un moyen très utile de quantifier l'ampleur de la diversité génétique au sein et entre les populations. Leur inconvénient majeur est qu'ils ne sont pas spécifiques à un locus donné et, parce qu'ils sont marqués comme la présence ou l'absence d'une bande, hétérozygotes ne peuvent être distingués de homozygotes, c.-à-d., ils sont hérités dans un mode dominant.