Une technique à l'aide de simples, des amorces d'oligonucléotide synthétique courte (habituellement 10-mer) pour PCR. L'amorce, dont la séquence a été choisie à l'aléatoire, lance une réplication sur ses sites complémentaires sur l'ADN, produisant des fragments vers le haut à environ 2 Ko long, qui peuvent être séparés par électrophorèse et coloration au bromure d'éthidium. Un apprêt peut exposer un polymorphisme entre les individus, et fragments polymorphes peuvent être utilisés comme marqueurs.