Un enzim que digereix el ADN o ARN, començant en els extrems dels filaments. Es requereix un extrem lliure per a degradar una molècula de DNA o RNA. 5´ exonucleases requereixen un final 5´ lliure i degraden la molècula en la 5´ a la direcció 3´. 3´ exonucleases requereixen un final 3´ lliure i degraden la molècula en la direcció oposada.