إضافة إنزيم التقييد للحمض النووي العينة تحت ظروف معينة أو لفترة محدودة، حيث أن نسبة من المواقع المستهدفة في أي جزيء الفردية هي المشقوق. غالباً ما تتم النبذ الجزئي لإعطاء مجموعة متداخلة من شظايا من الحمض النووي لاستخدامها في بناء بنك الجينات.