تقنية تسمح جزأين من الحمض النووي المزدوجة التي تفصلها آلاف زوج قاعدي (حوالي 200 ك. بايت) استنساخ معا. بعد سوبكلونينغ، يمكن استخدام كل قطعة كما المستنسخة بإجراء تحقيق تحديد تسلسل الحمض النووي التي، على مستوى الكروموسوم، تقريبا 200 كيلو بايت وبصرف النظر.