네이트의 전신은 1999년 5월 설립된 라이코스코리아다. 1999년 싸이월드 법인을 설립했으며, 검색엔진 구글과 웹페이지 검색 솔루션 도입에 관한 전략적 제휴를 체결했다. 2002년 10월 포털 사이트 네이트 닷컴, 11월 유무선 연계쇼핑인 네이트몰을 열었다. 2002년 6월 SK텔레콤이 라이코스코리아 지분 76.5%를 446억 원에 인수했다. 같은 해 11월 넷츠고와 라이코스코리아의 통합법인 SK커뮤니케이션즈를 출범시켰다. 2002년 12월 라이코스코리아와 네이트닷컴의 인터넷 사이트 통합을 완료했다. 네이트는 설립 당시 라이코스, 넷츠고, 넓게는 SK텔레콤 가입자들까지 포함하는 포털 사이트로 출범했다. SK라는 대기업을 등에 업고 이동통신과의 연계, 기존 사이트를 인수 합병해 세력을 확장했다. 무선 인터넷을 기본으로 TTL, UTO와 같은 이동통신 사이트와 연계했다. 2003년 싸이월드를 인수 합병한 후에는 커뮤니티 기능을 추가함과 동시에 접속자 수가 증가했다. 라이코스와의 합병 전에는 포털 순위 20위권에서 맴돌다가 통합 직후 8위에 올라섰다. 합병 직전 900만 명 선을 유지한 방문자수도 2003년 말 500만 명 이상이 늘어난 1400만 명을 넘어섰다. 2009년 2월 엠파스를, 같은 해 9월 싸이월드를 각각 통합했다. 싸이월드를 통해 제공되던 소셜네트워크서비스(SNS), 메신저 '네이트온'을 운영하고 있다. 2010년 현재 포털 순위 3위에 올라 있다.